En el eje de derechos humanos de los pueblos indígenas, Alianza Sierra Madre da seguimiento a la defensa judicial y administrativa en busca del reconocimiento de derechos territoriales a comunidades indígenas que han sido víctimas de fraudes documentales y que, desde varias generaciones hasta hoy, poseen las tierras y territorios, pero no el título. La situación de esos pueblos y comunidades ha sido agravada por el otorgamiento de permisos forestales ilegales en sus bosques, situación que los expone a la violencia. Alianza trabaja en dos casos representativos de esta realidad en la Sierra Tarahumara: Choréachi y Coloradas de la Virgen, ambos en el municipio Guadalupe y Calvo, estado Chihuahua, México.

A la par de las acciones jurídico-administrativas se trabaja una estrategia de sensibilización y concertación política con representantes de instituciones gubernamentales de los niveles federal y estatal para que cesen las violaciones y se reconozcan a los pueblos indígenas como sujetos de derechos.

La estrategia se complementa con el trabajo de educación en Derechos Humanos de los Pueblos Indígenas, a través de talleres de capacitación, promoción e información, con énfasis en la producción de materiales de audio para la trasmisión radiofónica, por ser la radio uno de los mejores medios para la difusión en toda Tarahumara.